Mulai tahun akademik ini, 2013/2014, STAIN Salatiga memberlakukan Uang Kuliah Tunggal (UKT), yaitu biaya kuliah yang dibayarkan dan diberlakukan tunggal, tidak ada biaya tambahan seperti tahun sebelumnya. Dengan model ini, maka selama kuliah mahasiswa hanya membayar UKT tersebut hingga wisudanya kelak, yaitu sebesar Rp. 700.000 (tujuh ratus ribu rupiah) selama kuliah. Tidak akan ada lagi biaya praktikum, wisuda, dan sebagainya.
Waket II Mifatkhudin, M.Ag, mengatakan bahwa dengan model seperti ini akan memudahkan dan meringankan biaya kuliah mahasiswa. Dan itu akan memacu semangat belajar tepat waktu, karena semakin lama masa studi maka berdampak pada biaya yang akan bertambah banyak. Untuk mekanisme pembayaran ini STAIN bekerjasama dengan Bank Syariah Mandiri, dengan demikian maka untuk membuka rekening dikenakan biaya tambahan Rp. 65.000,-.
Biaya ini berlaku untuk semua program studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), Tadris Bahasa Inggris (TBI), Pendidikan Guru MI (PGMI), Pendidikan guru Raudlatul Atfal (PGRA), Akhwal al Syakhshiyyah – Hukum Perdata Islam (AS), Perbankan Syariah (PS) (S1/D3), Hukum Ekonomi Syariah (HES). Sedangkan tiga prodi baru hanya dikenakan membayar Rp. 400.000 (empatratus ribu rupiah) yaitu prodi Ilmu al Qur’an dan Tafsir (IAT), Sejarah Kebudayaan islam (KPI), dan Komunikasi Penyiaran Islam (KPI).(SG)