Organisasi Kemahasiswaan merupakan lembaga-lembaga unit yang dikelola oleh mahasiswa STAIN Salatiga.
- DEWAN MAHASISWA
- SENAT MAHASISWA
- HIMPUNAN MAHASISWA JURUSAN SYARI’AH
- HIMPUNAN MAHASISWA JURUSAN TARBIYAH
- RACANA
- LEMBAGA PERS MAHASISWA DINAMIKA
- LEMBAGA DAKWAH KAMPUS
- KOPERASI MAHASISWA FATAWA
- MAPALA MITAPASA
- STAIN MUSIC CLUB
- STAIN SPORT CLUB
- RESIMEN MAHASISWA
- TEATHER GETAR
- COMMUNICATIVE ENGLISH CLUB
- KELOMPOK STUDI EKONOMI ISLAM
- JAM’IYATUL QURRO’ WALHUFFADZ
- ITTAQO